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不同的应用层协议可能基于不同的传输层协议，如FTP、TELNET、SMTP协议基于可靠的TCP协议。 TFTP、SNMP、RIP基于不可靠的UDP协议。
有些应用层协议占用了两个不同的端口号，如FTP的20、21端口，SNMP的161、162端口。这些应用层协议在不同的端口提供不同的功能。 如FTP的21端口用来侦听用户的连接请求，而20端口用来传送用户的文件数据。再如，SNMP的161端口用于SNMP管理进程获取SNMP代理的数据， 而162端口用于SNMP代理主动向SNMP管理进程发送数据。
有些协议使用了传输层的不同协议提供的服务。如DNS协议同时使用了TCP 53端口和UDP 53端口。 DNS协议在UDP的53端口提供域名解析服务，在TCP的53端口提供DNS区域文件传输服务。
在每个TCP、UDP数据段中都包含源端口和目标端口。 通常，我们把一个IP地址和一个端口号合称为一个套接字（Socket），而一个套接字对（Socket pair）可以唯一地确定互连网络中每个TCP连接的双方（客户IP地址、客户端口号、服务器IP地址、服务器端口号）。
由于在传输层上只有TCP和UDP两个协议，这两个协议都依赖网络层的IP协议。所以通常在操作系统层面把这些协议给实现了，封装成API， 通常把这个API就称为Socket API。
当然不同的语言也会在系统的Socket API基础上再做一次封装。